IDが一致しないsql行を別のテーブルから削除します

LEFT JOIN / IS NULLの使用：

DELETE b FROM BLOB b 
  LEFT JOIN FILES f ON f.id = b.fileid 
      WHERE f.id IS NULL

NOT EXISTSの使用：

DELETE FROM BLOB 
 WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
                    FROM FILES f
                   WHERE f.id = fileid)

NOT INの使用：

DELETE FROM BLOB
 WHERE fileid NOT IN (SELECT f.id 
                        FROM FILES f)

警告

可能な場合は常に、トランザクション内でDELETEを実行して（サポートされていると仮定-IE：MyISAMではない）、問題が発生した場合にロールバックを使用して変更を元に戻すことができます。