テーブルは、「UPDATE」のターゲットとmysqlのデータの個別のソースの両方として2回指定されます

これは典型的なMySQLのことであり、通常、派生したテーブルから、つまり

FROM manager AS m2

使用

FROM (select * from manager) AS m2

完全なステートメント：

UPDATE manager
SET status = 'Y'
WHERE branch_id IN
(
  select branch_id
  FROM (select * from manager) AS m2
  WHERE (branch_id, year) IN
  (
    SELECT branch_id, year
    FROM branch_master
    WHERE type = 'finance'
  )
);