mysql-serverのアップグレード後にInnoDBが無効になるという同様の状況に直面しました。クエリ「showengines 「Innodbが表示されませんでした 。 このリンク をたどる 問題を修正しました。
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart