別のテーブルにないテーブルから選択する

Sjoerdの反結合を拡張して、わかりやすいSELECT WHERE X NOT IN (SELECT)を使用することもできます。 パターン。

SELECT pm.id FROM r2r.partmaster pm
WHERE pm.id NOT IN (SELECT pd.part_num FROM wpsapi4.product_details pd)

`のみを使用する必要があることに注意してください 通常の列名ではなく、予約語、スペースを含む名前などのバッククォート。

MySQL 5+では、この種のクエリはかなり高速に実行されます。
MySQL3/4では低速です。

問題のフィールドにインデックスがあることを確認してください
pm.idにインデックスが必要です 、pd.part_num 。