設定ファイルのすべての種類の設定を試し、mysqlを数十回再起動した後、問題を解決しているように見えるこれを思いつきました（これはどこのドキュメントにも見つかりませんでした）
MySQLdb.connect(server, username, password, database, local_infile = 1)
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MySQLdb.connect(server, username, password, database, local_infile = 1)