私はエリックに同意します。 TRUNCATETABLEがその方法です。ただし、何らかの理由でそれを使用できない場合（たとえば、実際に使用しない場合） テーブル内のすべての行を削除したい場合）、次のオプションを試すことができます：
- 行を小さなバッチで削除します（例：DELETE FROM bundle_inclusions WHERE id BETWEEN？と？）
- MyISAMテーブルの場合（実際には、これはInnoDBでも機能する可能性があります）、DELETEの前にLOCKTABLEを発行してみてください。これにより、排他的アクセスが保証されます。
- InnoDBテーブルの場合は、後 タイムアウトが発生した場合は、SHOWINNODBSTATUSを使用してください。これにより、ロックの取得が失敗した理由についての洞察が得られるはずです。
- SUPER権限をお持ちの場合は、SHOW PROCESSLIST ALLを試して、テーブルを使用している他の接続（存在する場合）を確認してから、KILLを使用して競合している接続を取り除くことができます。
他にもたくさんの可能性があると思います。これらのいずれかがお役に立てば幸いです。