MySQLでの重複の削除

Delete from YourTable VersionA
  where VersionA.Time NOT IN
    ( select MAX( VersionB.Time ) Time
         from YourTable VersionB
         where VersionA.UserID = VersionB.UserID
           and VersionA.VisitorID = VersionB.VisitorID )

構文を調整する必要があるかもしれませんが、そのトリックを行う必要があります。さらに、最初にサブセレクトを独自のテーブルに事前クエリしてから、その結果セットに対してDELETEFROMを実行することもできます。