内部にカウントがあるmysqlgroup_concat？

GROUP BYを2回使用する必要があります。最初は、次の（user_id、status）でカウントを取得し、次に、結合されたテーブルから連結するuser_idで使用します。

SELECT users.name, GROUP_CONCAT( CONCAT(f.status, ',', f.cnt) SEPARATOR '|' )
FROM users 
JOIN
( SELECT user_id, status, count(id) AS cnt
  FROM application_follows
  GROUP BY user_id, status ) f
ON f.user_id = users.id
GROUP BY users.id