手遅れですが、誰かの助けになることを願っています。
ちょうど今日、私は同様の状況に陥ります（しかし、他のコンテキストでは、dbからエンティティを作成しようとしていました）。
私は、parameters.iniファイルでdedatabase_hostを「localhost」から「127.0.0.1」に変更するだけで解決しました。
私のMysqlインスタンスはソケットではなくTCP経由でのみ実行されていると思います。これは、database_host="localhost"を使用すると失敗するためです。