アレクサンドルが提案した答えは次のとおりです。
id =LAST_INSERT_ID(id)を使用すると、mysql_insert_id =更新されたIDの値が設定されるため、最終的なコードは次のようになります。
<?
$query = mysql_query("
INSERT INTO table (column1, column2, column3)
VALUES (value1, value2, value3)
ON DUPLICATE KEY UPDATE
column1 = value1,
column2 = value2,
column3 = value3,
id=LAST_INSERT_ID(id)
");
$my_id = mysql_insert_id();
これにより、更新または挿入に関係なく、$my_idに適切な値が返されます。