無効なパラメーター番号：バインドされた変数の数がDoctrineのトークンの数と一致しません

クエリテキストのパラメータを引用符で囲まないでください！

->add('where', "c.owner = ?1 AND c.contact = u.id AND u.username LIKE '?2'")

する必要があります

->add('where', "c.owner = ?1 AND c.contact = u.id AND u.username LIKE ?2")