これは実際にはmy.cnfの設定ではありません （またはmy.ini この場合）。 mySQLは、データベース自体の照合（作成時）からこの設定を取得します。これを必要なutf8エンコーディングとインライン化するには、次のようにします。
ALTER DATABASE databasename CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;
次に、mysqlで再起動を実行し（必要かどうかは覚えていない）、その後に：
SHOW VARIABLES;
すべてがうまくいくはずです、お役に立てば幸いです！
補足：default-character-setだと思います 現在は非推奨であり（mySQL 5.5以降）、構成ファイルをそわそわしているようです。