データがRAMに収まる場合、data.tableの方が高速です。例を提供すると、data.tableを不適切に使用していることがすぐに明らかになります。 data.tablewiki の「すべきこととすべきでないこと」を読んだことがありますか ?
SQLは行ストアであるため、下限があります。データがRAMに収まる場合(そして64ビットはかなりの量です)、data.tableは、RAMにあるだけでなく、列がメモリ内で連続しているため(列操作のためにRAMからL2へのページフェッチを最小限に抑える)、より高速になります。 data.tableを正しく使用すると、SQLの下限よりも高速になります。これはFAQ3.1で説明されています。 data.tableの処理速度が遅い場合は、data.tableを誤って使用している可能性が非常に高くなります(または、修正が必要なパフォーマンスのバグがあります)。したがって、data.table wikiを読んだ後、いくつかのテストを投稿してください。