パフォーマンスの問題は、「term_taxonomy」テーブルとの結合が原因である可能性があります。
他のすべての結合は、主キーを使用しているようです（おそらく作業中のインデックスがあります）。
したがって、私の提案は、 term_taxonomy_idに複合インデックスを追加することです。 およびterm_id （または、必要な場合：分類法 ）。このように：
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
これがお役に立てば幸いです。