一般的な方法は、必要なテーブルを作成するインストールスクリプトを含めることです。そのため、解決策2が最適です。
[編集]そのスクリプトは、ダンプを再生するだけでよくあります。;）
移行にも興味があるかもしれません： PHP / MySQLアプリケーションの移行（スキーマとデータ）を自動化する方法
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