UPDATE table SET Password = MD5(Password)
ただし、MD5はあまり優れたレベルの暗号化ではないため、カスタムソルトを使用したENCRYPTなどのより強力なものを検討する必要があります。 こちら をお読みください
編集:元の質問が変更されたようです。収容するために変更されたクエリは次のとおりです
UPDATE table SET Password = MD5(Password) WHERE ID!=[specified index]
編集:注目に値する