MYSQLでコメント応答クエリを作成するにはどうすればよいですか？

ORDERBYで式を使用できます。これを試してください：

SELECT *
FROM comments
ORDER BY IF(ParentId = 0, Id, ParentId), Id

これは、ParentId =0の場合は最初にIdでソートされ、それ以外の場合はParentIdでソートされます。 2番目の並べ替え基準は、返信が順番に返されるようにするためのIDです。