IDセットを1から更新するにはどうすればよいですか？

もちろん方法はあります：

set @counter = 0;
update table_name
set id  = (@counter := @counter + 1);

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重複キーの問題を回避するために、前に次のようなものを実行して、現在のIDを負の同等のものに一時的に変更できます。

update table_name
set id  = 0 - id;