ここでの問題は十分に単純なようです。
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
スレッド189(クライアント接続)はアイドル状態で、しばらくの間使用されていましたが、トランザクションが実行されたままになっています。実行中のトランザクションをほぼ1時間そのままにしておくのは意味がないため、これはデータベースを使用しているコードのバグである可能性があります。
mysql> KILL 189;
これでメタデータロックが解放されるはずです...しかし、なぜこれが起こっているのかを知る必要があります。 BadThings™は、アプリケーションがこれよりも適切に動作しない場合に発生します。
また...アプリケーションはroot
として接続しないでください 。問題とは関係ありませんが、それがそうだとすれば、良くありません。