MySQLのHAVINGCOUNT（*）から削除

マニュアル に記載されているとおり ：

この操作は一時テーブルを介して実行する必要があると思います：

CREATE TEMPORARY TABLE temp
  SELECT   part_desc
  FROM     ag_master
  GROUP BY part_desc
  HAVING   COUNT(*) > 1000;

DELETE FROM ag_master WHERE part_desc IN (SELECT part_desc FROM temp);

DROP TEMPORARY TABLE temp;