ローカルCLIからクエリを実行して、出力をローカルファイルの宛先にリダイレクトしてみてください。
mysql -user -pass -e"select cols from table where cols not null" > /tmp/output
ローカルCLIからクエリを実行して、出力をローカルファイルの宛先にリダイレクトしてみてください。
mysql -user -pass -e"select cols from table where cols not null" > /tmp/output