接続プールにJPAとC3P0を使用してHibernateを4.3.xにアップグレードしたときに、同じ「通信リンク」の問題が発生し始めました。
接続がデータベースのwait_timeoutより長く保持されていたため、これは接続プールの問題のようです。 （これはデフォルトの8時間でした）私のC3P0設定にもかかわらず。ただし、persistence.xmlの休止状態の構成を変更することで、この問題を修正しました。 と：
<property name="hibernate.connection.release_mode" value="after_transaction" />
hibernateのデフォルトの動作は、トランザクション後に接続を解放しないように変更されたようです。そのため、プーリングを使用している場合は、このモードを明示的に設定する必要があります。