同じサーバー上の2つのmysqlデータベース間でクエリを実行するパフォーマンスは？

いいえ。MySQLでは、「データベース」は基本的に単なるカタログであり、データの保存方法やクエリ方法には影響しません。

クエリ実行の観点から、異なるデータベース内の2つのテーブルをクエリすることは、同じデータベース内の2つのテーブルをクエリすることと同じです。