はい。ご存知のとおり、ID値はBEFOREINSERTトリガーでまだ生成されていません。ただし、AFTERINSERTトリガーでNEW.thread値を変更することはできません。
競合状態を引き起こす可能性があるため、INFORMATION_SCHEMAの読み取りに依存することはできません。
INSERTを実行して、すぐに実行する必要があります：
UPDATE comments SET thread=id WHERE id=LAST_INSERT_ID() AND thread IS NULL;
ルートコメントの場合。
同様のトピックに関する私の過去の回答も参照してください：