「mysqlaltertablehanging」を検索してこの質問にたどり着きました。答えは（コメントで）文書化する必要があると思います。
MySQLコマンド（この場合は列を追加するため）を実行していて、予期せずハングしている場合（例：テーブル内のデータのサイズが原因ではない場合は、データベースに対して実行されている他のプロセスを確認してください。クエリを実行したままにして、別のクライアントでサーバーに接続し、入力しました
SHOW PROCESSLIST;
クエリがハングしていて、このメッセージはstateでした 列：
Waiting for table metadata lock
自分のマシンからゾンビ接続がいくつかあることに気づき、それらを殺しました（KILL xxx ここで、xxx Idの番号です 列）、そしてプロセスはすぐに終了しました。