重複キーのMySQL...既存のIDを取得しますか？

3番目の列ModifiedDateを追加できます そしてそれを使用します：

insert into t(id, tag)
    select id, tag
    on duplicate key update ModifiedDate = now();

これにより、更新が実際に行われ、LAST_INSERT_ID()が確実に実行されます。 値を返します。