データを失うことはありません。このエラーメッセージは、テーブルの内容を確認しようとして、一度に選択する行が多すぎる場合に固有のものです。テーブルの列数に表示される行数を掛けた値は、php.iniのmax_input_varsに設定された値を下回っている必要があります。デフォルトでは、これは1000に設定されています。
特定のコードを使用している場合、同じことを実行しようとしない限り、このエラーが発生することはありません。ある時点で、返されたクエリから1,000を超える「要素」を表示します。あなたは本当にそれをすることを期待していますか？その場合は、データのページ付けとSQLクエリでのLIMITの使用について賢明に行ってください。
データ自体は安全です。影響を受けるのは、PHPの取得と出力の機能だけです。