1つの理由で非常に役に立たない：約200のファイルがある場合（この状況は本当ですよね？）、約200のテーブルがあります。また、各ディレクトリに約1,000個のファイルがある場合など。データベースから選択するときに処理が遅くなるか、サーバーリソースを追加購入する必要があります。
データベース構造を変更する必要があると思います。parent_folder_idを追加することから始めてください。 列をテーブルに追加します。この後、すべての行を配置できます（ファイルとディレクトリ-ディレクトリもファイルであるため-ここでtypeを追加できます これを決定するための列）を1つのテーブルにまとめます。