このMySQLテーブルを最もパフォーマンスの高い方法でクエリする方法は？

全表スキャンを実行する必要があるため、これがおそらく最善の解決策です：

select (case when id in (< your list >) then 'in' else 'out' end) as inlist,
       my_boolean_field, count(*)
from mytable t
group by (case when id in (< your list >) then 'in' else out' end),
         my_boolean_field;

リストがインデックス付きのテーブルにある場合は、left joinを使用できます その上に。ただし、MySQLはinの検索を最適化します 定数値を使用します（バイナリ検索を使用します）。したがって、これが最速の方法である可能性があります。