すべてのIDが両方のテーブルに表示されると仮定します(理想的には1回のみ):
update tmpList inner join table1 using (id) inner join table2 using (id)
set table1.ts = tmpList.ts_value, table2.ts=tmpList.ts_value;
更新:内部結合の代わりに左結合を使用するだけで、1つのテーブルにのみ存在するIDでもこれが機能します。適用できないset句はスキップされているようです。どうやらもっと早くやってみるべきだった。