存在しない場合は挿入、それ以外の場合はmysqlで選択する

試してみますが、Microsoft SQLのバックグラウンドから来ていることを覚えておいてください。また、テーブルの正確な構造に精通していないため、SQLの一部はおそらく少し厄介です。

IF (SELECT COUNT(*) FROM beta WHERE name = 'John' > 0)
  UPDATE alfa SET c1=(SELECT id FROM beta WHERE name = 'John')
ELSE
BEGIN
  INSERT INTO beta (name) VALUES ('John')
  INSERT INTO alfa (c1) VALUES (LAST_INSERT_ID())
END

これがお役に立てば幸いです。