ここで大げさな推測をします：データベースキャッシング。
ページを初めて実行するとき、クエリはデータベースにキャッシュされないため、時間がかかり、PHPの期限が切れます。
それ以外の場合、クエリははるかに高速です。
前述のようにクエリを分割するか、スクリプトの時間制限を増やしてみることができます：
set_time_limit(0); //No time limit
set_time_limit(60); //60 seconds
確かに、これ> データベースキャッシュをクリーンアップして常に使用するには、常にクリーンキャッシュでページを実行します。