ここではDockerコンテナのオーバーヘッドは重要ではなく無視できるため、問題はマイクロサービスパラダイムのアーキテクチャに関するものです。
パフォーマンスは確かに複雑な質問であり、一般的なアドバイスはありませんが、次のことが役立つかもしれません。
個人的には、プロジェクトの開始時に、考えられるすべてのパフォーマンスの問題を事前に解決しようとする必要があるとは思えません（＃ MVP 、＃アジャイル ）ただし、訂正してください。ただし、リソースが少なく（1つのホストですか？）、事前にこれらのリソースを節約したいと考えているようです。
さて、今あなたの最大の懸念は何ですか？
RAMが問題です
次に、2つの同時MySQLインスタンスを同じホスト上に持つ おそらくそれほど良くはありません（ただし、さまざまな設定では問題ありません）
1つのホストについて、1つのデータベースコンテナの使用を開始することを提案しますが、異なるスキーマを作成します。これには、標準コンテナ（ https://forums.docker.com/t/multiple-databases-in-official-mysql-container/8324 ）
その他の懸念事項
今はあまり気にせず、最初から別々のデータベースから始めます。データベースに対して水平にサービスを分離できることは大きな価値です。非常に理論的な将来のパフォーマンスの問題があるため、この設計上の決定を弱めたくありません。