2つの列にWHERE句を指定してMySQLクエリを高速化するにはどうすればよいですか？

両方のフィールドに1つのインデックスが必要です

ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);

また、MySQLは、WHERE句に範囲条件がある最初のフィールドまでの複数列インデックスを使用するため、この場合、順序が重要であり、timestamp インデックスの最後にある必要があります。

@ spencer7593が提案するように、COUNT(1)を選択します count(id)の代わりに 良いかもしれません。