SQLNonTransientConnectionExceptionEclipseでのMySQLとの接続

これを試してください：

// None of this belongs in a main method. 
public static void main(String[] args) throws Exception {
    Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");     
    // where are url, user, pass set?  I don't see them.   
    Connection conn = DriverManager.getConnection(url, user, pass);
    Statement stmt = conn.createStatement();
    // this is simply wrong.
    String mysql1 = "UPDATE Policy SET " + readAndArray("filepath");
}

JavaとJDBCは初めてです。これは良い方法ではありません。それをより良くする方法のいくつかの例については、WebとSOを検索することをお勧めします。