他の人が言っているように、あなたは本当にPDOを使うべきです。しかし、あなたの質問に答えるには、mysql_num_rowsがあなたの解決策です。
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());
if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database