Doctrine2.3とOneToOneカスケードが持続しないようです

解決策が見つかりました：

/**
 * User
 *
 * @ORM\Table("users")
 * @ORM\Entity
 */
class User extends UserEntity
{
    ...

    /**
     * @ORM\OneToOne
     * (
     *      targetEntity="UserPreferences",
     *      cascade={"persist", "remove"},
     *      inversedBy="user"
     * )
     */
    protected $userPreferences;
}

/**
 * @ORM\Table("user_preferences")
 * @ORM\Entity
 */
class UserPreferences extends UserPreferencesEntity
{
    /**
     * @ORM\Column(name="id", type="integer")
     * @ORM\Id
     * @ORM\GeneratedValue
     */
    protected $id;

    /**
     * @var int
     *
     * @ORM\OneToOne(targetEntity="User", mappedBy="id", cascade={"persist", "remove"})
     */
    protected $user;

    ...
}

まず最初に、mappedByとinversedByを指定する必要がありました（これは以前に試しましたが、間違った方向にあります-所有側ではmappedBy、反転側ではinversedBy）。また、反転側は別のIDを持つ必要はないと思い、所有側のID（User＃id）をこのIDの主キーとして使用しようとしました。