INDEXを使用しないJOINを使用したMySQLクエリ

絶対にわかりませんが、条件をWHEREから移動することを検討してください JOIN ONの条件 外部結合を実行しているため、条件（LEFT JOIN ）inner joinとは異なり、パフォーマンスに違いがあります whereの条件 またはjoin on 節は同等です。

SELECT COUNT(1) AS clicks 
FROM clicks AS c 
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id 
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00' 
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');