- はい。たとえば、InnoSetupなどのセットアップビルダーを使用できます。ただし、個人的には、顧客が好きな場所で抽出できるzipファイルを顧客に提供するのが好きです。実行可能jarは、それ自体ですべてを処理できる必要があります（ソフトウェアをインストールする必要がなく、解凍して実行するだけで、それが好きです）。
- ハードコードされている場合は、はい（ただし、ハードコードされているとはどういう意味ですか？ ？ファイルへのパス？ IPアドレス？）。ソフトウェアが依存するパスやその他の外部のものには、プロパティまたは構成ファイルを使用する必要があります。ソフトウェアはそれらのファイルから読み取る必要があります。起動時に、そのようなファイルの存在を確認します。欠落している場合は、構成を入力できるウィンドウがユーザーに表示されます。
コードを使用してMySQLをデプロイする場合は、サーバーを使用することを検討してください。そうすることで、ユーザーはMySQLを強制的にインストールせず、代わりにネット経由で接続します。データをローカルに保存するためだけにデータベースが必要な場合は、SQLiteまたは同様のファイルベースのデータベースエンジンを使用してみませんか？
上記の答えは単なる提案であり、私が考えている方法を反映しているわけではありません。経験豊富な方からのご連絡をお待ちしております。それでも、答えが少し役立つことを願っています:)