次のように実行できるはずです(クエリを文字列として作成する):
$query = $em->createQuery('SELECT COUNT(u.id) FROM Entities\User u');
$count = $query->getSingleScalarResult();
次のように実行できるはずです(クエリを文字列として作成する):
$query = $em->createQuery('SELECT COUNT(u.id) FROM Entities\User u');
$count = $query->getSingleScalarResult();