http://dev.mysql.com/doc/refman /4.1/en/user-resources.html
MySQL 4.0.2以降、個々のアカウントの次のサーバーリソースへのアクセスを制限できます。
アカウントが1時間あたりに発行できるクエリの数
アカウントが1時間あたりに発行できる更新の数
アカウントが1時間あたりにサーバーに接続できる回数
追加情報-
MySQLには、クエリタイムアウト値、または個々のクエリを調整するその他の組み込みの方法はありません。ただし、実行時間の長いクエリを強制終了するスクリプトを作成するのは非常に簡単です。後で問題のあるユーザー/プログラマーを打ち負かすことができるように、ユーザーをキャプチャしてクエリを実行することもできます。
こちら はPERLを使用した例です。