MySQLデータファイルは縮小しません

削除するデータの量に関係なく、InnoDBテーブルスペースのファイルサイズが自動的に減少することはありません。

大変な作業ですが、設定してテーブルごとに1つのテーブルスペースを作成することができます

innodb_file_per_table

これに関する長い部分は、mysqlサーバーからすべてのデータをエクスポートして（新しいサーバーをセットアップする方が簡単です）、データを再インポートする必要があるということです。すべてのテーブルのデータを保持する単一のibdata1ファイルの代わりに、tablename.ibdと呼ばれる多くのファイルがあります。 1つのテーブルのデータのみを保持します。

その後：

その後、テーブルから大量のデータを削除する場合、発行することでmysqlにデータファイルを再作成させることができます

alter table <tablename> engine=myisam;

MyIsamに切り替えて（このテーブルのInnoDBデータファイルを削除して）、

alter table <tablename> engine=innodb;

テーブルを再作成します。