デフォルトのBatchConfigurerを使用するには、コンテキストに含まれるデータソースが1つだけである必要があります。

M. Deinumが提案したように、データソースの構成も別のファイルに入れます。

それ以外に、構成ファイルには次の問題があります。

1. SpringBatchは、「dataSource」という名前のデータソースを探します（大文字のSに注意してください）。見つからない場合は、見つかったデータソースを探します。ただし、複数検出された場合は、例外->観察したものがスローされます。

2. 構成ファイルで、2つのデータソースを作成し、1つを挿入します（@Autowired Datasource dataSourceSecond）。この名前のデータソースがないため、これにより次の問題が発生します。 （データソース「secondaryDataSource」と「primaryDataSource」のみを定義しました）。これも例外につながります。

構成を整理する方法は次のとおりです

@Configuration
public DatasourceConfiguration {

    @Bean
    @ConfigurationProperties(prefix="spring.seconddatasource")
    public javax.sql.DataSource secondaryDataSource() {
        return DataSourceBuilder.create().build();
    }

    // note the new name: dataSource -> this is the name springBatch is looking for
    @Bean
    @ConfigurationProperties(prefix="spring.datasource")
    public javax.sql.DataSource dataSource() {
        return DataSourceBuilder.create().build();
    }
}


@Configuration
@EnableBatchProcessing
@Import(DatasourceConfiguration.class)
public class BatchConfiguration {

    @Autowired
    public JobBuilderFactory jobBuilderFactory;

    @Autowired
    public StepBuilderFactory stepBuilderFactory;

    // note the name
    @Autowired
    public DataSource secondaryDataSource;


    @Bean
    public JdbcCursorItemReader<User> reader()
    {
        JdbcCursorItemReader<User> reader=new JdbcCursorItemReader<>();

        // note the name
        reader.setDataSource(secondaryDataSource);
        reader.setSql("Select ACCT_ID from ACCT_table FETCH FIRST 100 ROWS ONLY");
        reader.setRowMapper(new UserRowerMapper());
        return reader;
    }

   ...

同様の質問に対するより徹底的な回答も書いています：バッチがデータソースを使用しないSpringバッチプロジェクトを作成したい