ブラウザ経由でPDOを使用してMySQLテーブルからCSVとしてデータを保存する

クライアントはそれがCSVファイルであることを知りません（結局のところ、それは単なるテキストです！）。

出力の前に（スクリプトの上部に）これを追加してみてください：

header("Content-type: text/csv");
header("Content-Disposition: attachment; filename=file.csv");
header("Pragma: no-cache");
header("Expires: 0");

基本的に、CSVファイルを送信するデータをクライアント/ブラウザに通知します。

うまくいくはずです。