JDBCがSHOWDATABASESコマンドを実行していません

これは、JDBCでデータベースのリストを取得するための最良の方法ではありません。これがその方法です-メタデータを使用する

Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/:3306","root","password");
DatabaseMetaData meta = con.getMetaData();
ResultSet resultSet = meta.getCatalogs();
while (resultSet.next()) {
   String db = resultSet.getString("TABLE_CAT");
   model.addRow(new Object[] {db});
}
resultSet.close();
con.close();

参照： java JDBCを使用して、MySqlのデータベース「スキーマ」名のリストを取得する方法