私自身も同じ問題にぶつかっています。私はMysqlコネクタ6.3.0.0を使用しています。これまでのところ、ネットで検索するときに次の提案に出くわしました。
1) Add "MySql.Data.dll" & "MySql.Web.dll" into your application "bin" folder.
2) Add reference to above to dlls in your application .
3) Add autogenerateschema="true" in your web.config file for required sections.
4) Check your Mysql connector version - make sure that the one that is in your bin folder is mentioned in your web.config file.
5) Check your connection string - make sure it is correct and connected successfully.
6) Check mysql membership related table structure.
7) Check schema version in "my_aspnet_schemaversion" table (e.g since you have upgraded to newer version I insist you should check this).
8) If the problem is on remote machine (e.g Production Server) you may wan to check this : http://www.reggieburnett.com/referencing-connectornet-on-a-remote-machine
このリストに目を通したと思いますが、新しいバージョンにアップグレードしてから、「my_aspnet_schemaversion」テーブルのスキーマバージョンを確認してください（たとえば、ローカルテーブルとリモートテーブルの「version」フィールドの値を比較してください）。
ところで：私は自分の問題についてこのリストをチェックしましたが、それは役に立ちませんでした。お役に立てば幸いです。
編集 ：こんにちは、次の方法でこのエラーを修正できます：
1) Deleted the tables for memberships in the db and had the mysql membership provider regenerate them
2) than set the Aministration.config file to trust the Mysql Membership Provider (e.g related to IIS admin)
よろしく、
Gaurav