mysqldumpはこれについて一般的に報告されている原因ですが、それだけではありません。
私の場合、任意のデータベースでartisan:migrateを実行すると、同じサーバー上の異なるデータベースでもこのエラーが発生します。
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=42041 mysqldumpで呼び出されるテーブルのロック/フラッシュについて言及しているため、移行、ロック、またはフラッシュが同時に発生していないかどうかを確認する価値があります。
エミュレートする準備を切り替えてみてください。
'options' => [
\PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => true
]