このmysqlクエリ（nullチェックあり）が他のクエリよりも遅いのはなぜですか？

どちらかが速いことに驚いています。それらをexistsに置き換えることをお勧めします：

SELECT COUNT(*)
FROM ips_usuario u  
WHERE EXISTS (SELECT 1 FROM ips_fatura f WHERE u.id = f.ips_usuario_id) OR
      EXISTS (SELECT 1 FROM ips_fatura f WHERE u.ips_usuario_id_titular = f.ips_usuario_id);

そして2番目に：

SELECT COUNT(*)
FROM ips_usuario u  
WHERE EXISTS (SELECT 1 FROM ips_fatura f WHERE u.id = f.ips_usuario_id) OR
      (u.ips_usuario_id_titular IS NOT NULL AND
       EXISTS (SELECT 1 FROM ips_fatura f WHERE u.ips_usuario_id_titular = f.ips_usuario_id)
      )

これらの両方に対して、2つのインデックスが必要です：ips_fatura(ips_usuario_id) およびips_fatura(ips_usuario_id_titular) 。説明をチェックして、EXISTSであることを確認できますインデックスを使用しています。そうでない場合、MySQLの新しいリリースはINのインデックスを使用します：

SELECT COUNT(*)
FROM ips_usuario u  
WHERE u.id IN (SELECT f.ips_usuario_id FROM ips_fatura f) OR
      u.ips_usuario_id_titular IN (SELECT f.ips_usuario_id FROM ips_fatura f);

いずれの場合も（EXISTS またはIN ）目標は「半結合」を行うことです。つまり、すべての一致ではなく、一致する最初の行のみを細かく設定します。これにより、クエリで重複の削除を回避できるため、これは重要な効率です。

問題はorの最適化だと思います -通常、これは非効率的なJOINになりますアルゴリズム。ただし、最初のケースでは、MySQLが賢いのかもしれません。ただし、IS NULLの追加外側のテーブルにそれを捨てます。