これの原因はわかりませんが、この場合、ハンドラーをより具体的なSQLエラーに変更すると機能する可能性があります
DECLARE CONTINUE HANDLER FOR SQLSTATE '02000' SET updateDone = 1;
ifとfetchを切り替えようとするかもしれません
IF updateDone =1 THEN
LEAVE doUpdate;
END IF;
FETCH updater INTO Id, Elm, ElmParent, Type, Processed, Country;
これにより、CONTINE HANDLERがすでにレコードがないことを通知した場合に、FETCHが実行されないようにします。