CakePHP 3の複数の列で2つのテーブルを結合するにはどうすればよいですか？

はい、可能です。配列を使用して、一致する必要のある列を表現するだけです：

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

これはkey1 = fk1と一致します およびkey2 = fk2